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繁體中文. 抗氧化蛋白 ； 活性氧化物 ； 分數卡方法 ； 活性氧化物的清除者 ... 酵素性抗氧化防禦系統(Enzymatic antioxidant defense systems)，是由一群具有能代謝 ... 隨時查．隨時看，你的隨身圖書館已上線! 立即使用 DOI 是數位物件識別碼 （ D igital O bject I dentifier ） 的簡稱， 為物件在網路上的唯一識別碼，可用於永久連結並引用目標物件。

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來源資料 交通大學分子醫學與生物工程研究所學位論文 碩士班/2016年 克雷白氏肺炎桿菌CG43雙分子系統CpxAR調控路徑之探討 使用分數卡方法發現可辨識抗氧化蛋白的特定二級結構 探討維生素D3在運動衰竭與失血性休克動物模式下抗氧化及抗發炎作用 即用型新型濺鍍式奈米鈀薄膜探針之開發及在電化學上之應用研究 天然物cytoskyrinA於肺癌細胞中之抗癌研究 醫藥衛生 > 基礎醫學 生物科技學院 > 分子醫學與生物工程研究所 書目管理工具 書目匯出 加入收藏 加入購物車 E-mail給朋友 列印書目 相關連結 問題回報 購買單篇 全文下載 使用分數卡方法發現可辨識抗氧化蛋白的特定二級結構 Discoveringaspecificsecondarystructuretoidentifyantioxidantproteinsusingascoringcardmethod 王音絜 ,碩士　　指導教授：何信瑩　　 繁體中文 抗氧化蛋白；活性氧化物；分數卡方法；活性氧化物的清除者；特定二級結構；抗氧化防禦機制；Antioxidantprotein；Reactiveoxygenspecies；scoringcardmethod；ROSscavengers；specificsecondarystructure；antioxidantdefensemechanisms 分享到 摘要 │ 參考文獻 (70) │ 文章國際計量 摘要 〈TOP〉 酵素性抗氧化防禦系統(Enzymaticantioxidantdefensesystems)，是由一群具有能代謝活性氧化物（Reactiveoxygenspecies,ROS）的抗氧化蛋白(AntioxidantProtein,AOP)而組成的系統。

抗氧化蛋白作為活性氧化物的清除者(ROSscavengers)，以間接或直接的方式，清除各自對應的活性氧化物，避免氧化壓力的發生。

抗氧化蛋白議題在過去已廣為研究，但多是對單一的抗氧化蛋白做探討，卻鮮少對整體抗氧化蛋白的功能特性分析及研究。

SCM(scoringcardmethod)是以雙胜肽為特徵，建置的二元分類器。

應用雙胜肽差異量，經最佳化後，產生一張400個雙胜肽傾向分數表以及一張20個氨基酸傾向分數表。

依據序列本身的傾向特徵值對應AAindex，將獲得與感興趣蛋白功能相關的物化特性訊息。

本研究的目的為，使用分數卡方法(SCM)建置抗氧化蛋白分類器(SCMAOP)，依據SCMAOP輸出結果，探勘抗氧化蛋白的生物特性和可辨識抗氧化蛋白的特徵區。

進一步，依據此特徵區結合SCMAOP，找尋可能的抗氧化蛋白(putativeAOP)。

抗氧化蛋白(AOP)數據集是依據已知的抗氧化蛋白對應的活性氧化物（O22-和H2O2），分成兩類的集合(AOP1和AOP2)。

AOP1組為SOD(superoxidedismutase)、AOP2組為具有過氧化物活性(Peroxidaseactivity)的蛋白。

數據收集分別取自SwissProt、PeroxiBase。

SCMAOP效能評估與驗證結果顯示，在準確性評估上為86.17%，表示SCMAOP可作為AOP的預測分類器。

數據分析結果顯示，(1.)發現，抗氧化蛋白呈高傾向是alpha-helix結構。

(2.)發現，抗氧化蛋白序列具有高傾向CP、DP和部分Proline相關之雙胜肽組合。

Prolineresidue是易影響蛋白質結構且常形成beta-turn結構的主因。

經數據結果驗證beta-turn結構在抗氧化蛋白(AOP)中有高含量。

(3.)發現，抗氧化蛋白的功能特徵區呈現特定二級結構，是以beta-strand為起點，連結loop–helixregion，且內部需含有beta-turn結構。

經驗證，此特徵區對於抗氧化蛋白(AOP)是具有重要性的。

(4.)應用新發現的抗氧化蛋白之特定二級結構，建置IDAOP方法，用以找尋PutativeAOP。

(5.)應用IDAOP方法後，從初步SCMAOP分類出的12101條PutativeAOP序列中，最後篩選出131條PutativeAOP(佔原數據集1.082%)。

前50排名中，發現有四類蛋白具有類似或以間接方式執行抗氧化的功能特性。

總體可知，結合SCMAOP及抗氧化蛋白收尋系統IDAOP方法，可協助生物學家找尋可能的抗氧化蛋白。

並列摘要 〈TOP〉 Antioxidantprotein(AOP)isconsideredasbiologicalendogenousantioxidantdefensemechanisms,tendstodonateelectronstoscavengeReactiveoxygenspecies(ROS).TheissueinthepasthasbeenwidelydisusedwhichmostlyfocusononetopicofAOP,butrarelyonoverall.Therefore,thisstudyproposesanovelmethodologicalapproachcalledSCMAOPtoestimatingthepropensityscoresof400dipeptidesand20aminoacidsinordertodesignpredictionmethodsandcharacterizeAOPsbasedonascoringcardmethod(SCM).Moreover,usingSCMAOPtofindingthefunctionalrecognitionpatternonantioxidantprotein.TheSCMAOPmethodforpredictingAOPsachievesatestaccuracyof86.17%.AdatasetconsistingofknownAOPscorrespondingitsROSsubstratebothH2O2andO22-werecollectedfromPeroxiBaseandSwissProtdatabase.Additionally,informativephysicochemicalpropertiesof20aminoacidsareidentifiedusingtheestimatedpropensityscorestocharacterizeAOPsasfollows:1)AOPhavehighpropensityderivedfromalphahelixdesignedsequences.2)ThestructureofAOPhavealotofbeta-turnstructurewhichmayascatalyticenvironments.3)ThespecificfunctionalstructureofAOPmaylocatedfrombeta-strandconnectingloop-helixconformationwhichcontainbeta-turnstructure.Further,wedevelopatoolcalledIDAOPbasedonthespecificfunctionalstructuretoverifyourfinding.Theanalysisresultsrevealsthatthespecificsecondarystructureisimportanttoantioxidantprotein,beta-turnstructureisthemainimpactfactor,identifying131putativeAOPfromputativedatasetafterIDAOPmethod.AccordingtothepublishedstudiedthatfourputativeAOPfromtop50rankingsmayhavesimilarantioxidantfunction.Therefore,webelievethatcombineSCMAOPandIDAOPcanhelpbiologiststofindingnovelantioxidantprotein. 參考文獻 ( 70 ) 〈TOP〉 [1]Krishnamurthy,P.andWadhwani,A.AntioxidantEnzymesandHumanHealth.2012.連結： [2]Nimse,S.B.andPal,D.Freeradicals,naturalantioxidants,andtheirreactionmechanisms.RSCAdv.2015;5(35):27986-28006.連結： [4]Aon,M.A.,etal.Glutathione/thioredoxinsystemsmodulatemitochondrialH2O2emission:anexperimental-computationalstudy.JGenPhysiol2012;139(6):479-491.連結： [5]Asagi,K.,etal.ContentofsulfuraminoacidsandvitaminB6andrelatedenzymeactivitiesinratswithchronicrenalfailurefedahighmethioninediet.Nephron1996;74(1):175-182.連結： [6]Banerjee,M.,Chakravarty,D.andBallal,A.Redox-dependentchaperone/peroxidasefunctionof2-Cys-PrxfromthecyanobacteriumAnabaenaPCC7120:roleinoxidativestresstolerance.BMCplantbiology2015;15:60.連結： 文章國際計量 〈TOP〉 E-mail ： 文章公開取用時，將寄通知信至您填寫的信箱地址 E-mail ： 購物車中已有多篇文章，請問是否要先清除，或一併加入購物車中購買?