BIOSIS Previews生物體分類(Taxonomic Data和Taxa Notes)欄 ...
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例如想查詢「牛」,您可能會想到包括cow、ox、bull、cattle、steer 等等。
但透過Taxonomic Data,資料庫建置者已統一在Organism Classifier 欄位標註了牛 ...
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在「BIOSISPreviews生物/生醫/農林主題資料庫」一文,我們已經介紹了BIOSISPreviews(簡稱BP)的基本使用功能,本文將介紹BP中的生物體分類欄位,希望能讓學科專門的使用者善加利用並獲得更精準的查詢結果。
【BP的生物學名詞典:TaxaTerms】
BP針對生物的物種分類,建立了一套TaxaTerms,以類似界門綱目科屬種的階層方式,組織超過900個物種學名。
在「資料庫的索引典或主題標目」一文中我們介紹過索引典的概念,此處的TaxaTerms即為BP中的物種學名索引典,您可以透過階層架構,看出特定物種的上層(廣義詞)、下層(狹義詞)、以及相關(同義詞)物種學名。
TaxaTerms的最上層為Organisms(有機生物界)、Microorganisms(微生物界)、Plantae(植物界)、Animalia(動物界)四大界,其下再細分出其他物種,如下:
【TaxaTerms用於TaxonomicData中】
TaxaTerms用於BP中的生物物種欄位TaxonomicData中。
參與BP建置的學者專家,會針對每篇文章涉及的生物物種,於TaxonomicData進行標註。
TaxonomicData共包含以下6個子欄位(其中,OrganismName、Variant、Details三項僅1993年迄今的文章有標註):
OrganismClassifier:該物種對應的TaxaTerm。
以牛為例,在BP中所有的牛對應之TaxaTerm均為Bovidae(牛科)。
因此若某篇文章中涉及牛,其OrganismClassifier即會標註「Bovidae」。
SuperTaxa:該物種的所有上層物種。
同樣以牛類為例,Bovidae(牛科)在TaxaTerms的階層架構中依序隸屬於:
Animalia(動物界)
Chordata(脊索動物)
Vertebrata(脊椎動物)
Mammalia(哺乳動物)
Artiodactyla(偶蹄目)
Bovidae(牛科)
因此若某文章的OrganismClassifier標註為Bovidae,其SuperTaxa即會標註Bovidae上層的所有TaxaTerms,即:Animalia、Chordata、Vertebrata、Mammalia、Artiodactyla。
TaxaNotes:在TaxaTerms中,部份的物種名會被給定RelatedTerms,用來表達同義的不同學名,一般而言為較通俗的學名。
RelatedTerms共有70餘種,若該物種的SuperTaxa或OrganismClassifier中,有任何的學名具有RelatedTerms,則這些RelatedTerms全數會標註於TaxaNotes欄位中。
以Bovidae而言,因Animalia(動物界)的RelatedTerms為Animals、Mammalia(哺乳動物)的RelatedTerms為Mammals,因此Animals、Mammals均會列入TaxaNotes欄位中。
另外,部分物種會在SuperTaxa或OrganismClassifier的RelatedTerms之外,由資料庫編製人員在70餘種RelatedTerms中挑選適合的terms額外添加於此欄位。
OrganismName:文章作者使用的物種名稱,非TaxaTerms中定義的學名。
通常有以下特性:
可視為俗名,一般大眾較常用、熟知的名稱。
較OrganismClassifier更專指。
以Bovidae而言,在OrganismName中通常可更進一步看出是何種牛,例如Bostaurus、Dairycow、Domesticcattle等等。
Variant:對應於OrganismName,為該物種的其他同義俗名、拼法(Spelling)、或更專指的名稱。
Details:其他該物種的附註細節,例如性別、品種、於實驗中的角色(屬於病原pathogen、病媒diseasevector、或寄主host)等個別資訊。
【TaxonomicData實例】
透過以下幾個例子,來了解TaxonomicData如何運用於BP收錄的文章:
以下這篇「萊克多巴胺對牛隻內臟能量代謝影響」的研究,涉及的生物體只有「牛」。
您可以看到在這篇文章的TaxonomicData中,OrganismClassifier標註了牛的TaxaTerm「Bovidae」、SuperTaxa標註了「Bovidae」上層的所有TaxaTerms、TaxaNotes標註了以上的所有學名的同義TaxaTerms、OrganismName中標註了作者於文中使用的俗名「cattle」、Details更進一步指出實驗中使用的是公牛且品種為Holstein:
以下這篇是涉及多種生物體的例子。
從文章標題中很難明確瞭解實驗內容,但透過TaxonomicData的描述,您可以很快得知本研究中使用了牛、豬、玉米、以及紫花苜蓿作為實驗對象:
【TaxonomicData在文獻查詢上的好處】
BP針對每篇文章著錄的TaxonomicData資訊,對具有學科背景的使用者在文獻查詢與篩選上,有以下好處:
詞彙一致:在查詢文獻時,完整收集同義的不同詞彙是一大難題。
例如想查詢「牛」,您可能會想到包括cow、ox、bull、cattle、steer等等。
但透過TaxonomicData,資料庫建置者已統一在OrganismClassifier欄位標註了牛的TaxaTerm「Bovidae」。
對於想要查詢以特定物種為研究對象的使用者而言,便更容易聚焦了。
層級控制:TaxaTerms以階層組織物種學名,當您查詢上層學名時,下層亦可被完整包含。
舉例來說,假設您想在網路上查詢「所有臺灣女歌手」的文章、新聞、或網站,您可能需要分別查詢張惠妹、蔡依林、…直到查完所有女歌手名(真是一件大工程!!),因為這些和個別歌手相關的資料中,並不會統一被給予「臺灣女歌手」這個標籤,因此您如果只用「臺灣女歌手」查詢,勢必會遺漏大多數的訊息!但在BP中,由於每篇文章的SuperTaxa欄位已著錄該物種的所有上層TaxaTerms,因此當您直接查詢某個上層學名(例如:Artiodactyla偶蹄目)時,隸屬於偶蹄目下的牛科、豬科、鹿科、駝科等都可一次撈出,不用擔心遺漏喔!
有效排除:當查詢以特定物種為研究對象的文獻時,即便將該物種名限縮在一般而言與主題最密切相關「Title」欄位,都還是可能查到不符需求的文獻。
如下圖,以「Cow」查詢Title,但都只是標題中出現cowmike(牛乳),顯然與牛體研究並不相關。
但TaxonomicData是由專人閱讀過後,針對研究內容作的標註,可確保均為研究中涉及的重要生物體:
迅速理解:使用者在瀏覽查詢結果時,可透過TaxonomicData資訊迅速概覽研究內容。
如下圖,您可以透過Details的描述,了解研究者分別使用了哪些物種為病原pathogen、病媒diseasevector、與寄主host,對於整個實驗設計的了解有開門見山的效果:
【TaxonomicData查詢方法】
前面介紹了TaxonomicData的整體概念,接著要介紹如何在BP的查詢功能中實際使用它!在查詢介面的下拉選單中,可看到TaxonomicData和TaxaNotes,如下圖:
當您選擇TaxonomicData時,右方會出現放大鏡圖示,點選後可進入一開始介紹過TaxaTerms物種學名階層一覽表:
您可透過瀏覽或查詢的方式挑選符合需求的TaxaTerms:
瀏覽:點選各學名前的十字,可展開階層架構。
部分學名後有「T符號」,點選可查看其TaxaNotes(即該學名的同義詞)。
查詢:上方有關鍵字查詢框,可使用萬用字元「*」,代表0~多個字元,以增加命中率。
點選查詢結果前方的「H符號」,可在接層架構中檢視該詞彙,進一步查看其廣義與狹義詞:
挑選需要的Terms後,點選前方「Add符號」,即可加入查詢。
可複選,選擇的詞彙會全部以OR聯集的邏輯結合。
選擇完畢,點選「OK」回到檢索畫面:
通常會再結合其他關鍵詞作查詢。
以本例而言,在TaxonomicData中挑選Bovidae(牛科)和Suidae(豬科),再加上關鍵詞Ractopamine,即可查詢萊克多巴胺用於牛科或豬科的文獻:
(事實上,Ractopamine應該下在「ChemicalData」化學物質欄位,詳見這篇文章)
由於在TaxonomicData中,只有OrganismClassifier、SuperTaxa、TaxaNotes三個欄位使用TaxaTerms,因此透過點選放大鏡後挑選學名的方式,只會在以上三個欄位中比對到相符的內容。
您也可以自行輸入您熟悉的俗名,例如「Cattle」、「Pig」等,因為OrganismName、Variant、Details中可能標註俗名。
透過自行輸入關鍵詞,您更可以進一步限縮在「該物種於實驗中扮演特定角色」的文獻。
例如想查詢牛體感染沙門氏菌方面的研究,您可以將牛的關鍵字與host(寄主)結合,將沙門菌與pathogen(病原)結合,如下:
即可查到以牛為寄主、沙門氏菌為病原的文獻:
下拉選單中的另一個選擇「TaxaNotes」,是將TaxonomicData中的70餘種TaxaNotes獨立出來作為限縮條件,必須搭配其他關鍵字查詢,如下:
基本上「TaxaNotes」原本就是包含在「TaxonomicData」中的一個欄位,因此直接透過前述「TaxonomicData」欄位的查詢方法,直接挑選「TaxaNotes」詞彙,也可獲得相同的結果。
總結而言,BP透過專人建置每篇文章的TaxonomicData,讓查詢特定生物體的需求更容易達到,也成為BP中的一大特色。
建議具有學科專門背景的使用者多加利用此欄位,應可在檢索結果的周全與準確性上獲得相當的提升。
By張育銘
【參考資料】BIOSISPreviews的FullRecord介紹
💡台大圖書館於2015年起未訂購BIOSISPreviews資料庫,敬請見諒。
BIOSISPreviews:1.基本功能|2.生物體分類|3.內容主題|4.化學與藥物|5.其他欄位
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