怎麼把牠們當成一樣的物種!物種分類出錯怎麼辦? - 泛科學

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分類學家偵探事件簿(二) 特產於澳洲的刺葉樹和刺葉樹象鼻蟲刺葉 ... 在我們最新發表的分類學研究論文中,我們確認了本屬有兩個物種,分別為長細刺 ... 0100文字分享友善列印0100動物世界專欄環境生態生命奧祕科學傳播編輯精選透視科學怎麼把牠們當成一樣的物種!物種分類出錯怎麼辦?——分類學家偵探事件簿(三)蕭昀・2021/10/08・2539字・閱讀時間約5分鐘+追蹤前情提要:不存在的某櫛角菊虎?——分類學家偵探事件簿(一)前情提要:沒有菜市場名這回事,分類學只允許一個「家豪」的存在!——分類學家偵探事件簿(二)特產於澳洲的刺葉樹和刺葉樹象鼻蟲刺葉樹(Xanthorrhoea;grasstrees)是僅分布於澳洲的特有植物,木質莖幹頂上有一圈又細又長的葉子,開花季時會從頂上長出一根細細長長的花柄,常被利用為園林造景植物,澳洲原住民傳統上也會利用刺葉樹的樹脂於器具製作和容器修補。

刺葉樹是澳大利亞特有的植物。

攝/HermesE.Escalona刺葉樹象鼻蟲(Paratranes)是體態呈長橢圓形而扁平的黑色象鼻蟲,和刺葉樹有著相存相依的伴生關係,更是僅僅分布於澳洲的獨特昆蟲。

在我們最新發表的分類學研究論文中[2],我們確認了本屬有兩個物種,分別為長細刺葉樹象鼻蟲(Paratranesmonopticus(Pascoe,1870))和一個全新物種——齊氏刺葉樹象鼻蟲(ParatraneszimmermaniHsiao&Oberprieler,2021),這個新物種紀念來已故的澳洲象鼻蟲分類學家埃爾伍德.齊默爾曼(ElwoodZimmerman)以彰顯這位極具貢獻的分類學者。

刺葉樹象鼻蟲(Paratranes)是僅分布於澳洲的獨特象鼻蟲:A-B.長細刺葉樹象鼻蟲(Paratranesmonopticus(Pascoe,1870));C-D.齊氏刺葉樹象鼻蟲(ParatraneszimmermaniHsiao&Oberprieler,2021)。

圖/參考資料2刺葉樹象鼻蟲和刺葉樹有著依存的伴生關係,圖為齊氏刺葉樹象鼻蟲(ParatraneszimmermaniHsiao&Oberprieler,2021)。

圖/參考資料2不是新發現,是前人搞錯了!不過這次的研究並非是在田野調查中找到了新物種,而是過往研究中,出現了把不同物種當作同一物種的狀況。

1898年,亞瑟.米爾斯.李(ArthurMillsLea)描述了一種外型與長細刺葉樹象鼻蟲極為相似的物種TranesxanthorrhoeaeLea,1898。

我們重新比對李在1898年發表的科學文獻與模式標本,發現在原始文獻中,並未指定正模式標本(Holotype),而文獻中引用的不同物種的複數標本,全被視為同一種物種的群模式標本(Syntypes)。

模式標本是什麼?分類學家除了形態分類鑑定外,「維穩生物的學名分類系統」也是相當重要的任務。

為了避免相同物種被重複命名,或是不同的物種被當作同一種,分類學家會用實體標本來說明特定物種的特徵,這些標本統稱為「模式標本(Typespecimens)」。

在分類學中,模式標本作為物種發表時的實體存證,是回顧前人描述的物種,重新對其物種假說地位進行檢視的客觀證據。

具有權威性的模式標本,或稱為「具(載)名模式標本(Name-bearingtype)」有三類,分別為「正模式標本(Holotype)」、「群(總)模式標本(Syntype)」和「選模式標本(Lectotype)」。

其中,群模式標本是研究者描述一個物種時,指定多個標本來代表該物種,而每具標本皆能定義該物種,但這產生了一個問題,在群模式標本中,不小心混入其他物種該怎麼辦呢?為了避免這個狀況,生物分類命名規約規定,後人學者可重新指定這些群模式標本中的其中一隻,作為代表該物種定義的唯一模式標本,這個被再次選出來的模式標本,就叫「選模式標本」。

作者正在研究昆蟲的模式標本。

圖/作者提供一般來說,若群模式標本都是同一物種的話,並不需要特別挑選選模式標本(Lectotype)。

但李用來引證TranesxanthorrhoeaeLea,1898的群模式標本中,混合了兩個物種,分別是長細刺葉樹象鼻蟲,以及被李誤認為是TranesxanthorrhoeaeLea,1898雌性個體的新物種,也就是後來被我們新分類出來的齊氏刺葉樹象鼻蟲,而面對這種情況,就必須特別思考該用哪一個物種當作選模式標本。

分類學家的決策過程選模式標本的選擇,並不只是為物種選擇正確的模式標本這麼簡單。

以李的情況為例,背後就牽扯到TranesxanthorrhoeaeLea,1898這個學名最後會代表什麼物種,以及李是否發現了新物種。

就李的狀況,分類學家會有以下兩種做法:方案一:若指定了長細刺葉樹象鼻蟲為選模式標本,也代表李當初沒有發現新物種,新物種只是不小心混入群模式標本中,而TranesxanthorrhoeaeLea,1898這個學名,就會等同於長細刺葉樹象鼻蟲,由於TranesxanthorrhoeaeLea,1898的出現時間晚於長細刺葉樹象鼻蟲,因此它將成為細刺葉樹象鼻蟲的同物異名(Synonym),而另一個新物種需要重新命名(這也是我們最終選擇的方案)。

方案二:如果選擇新物種為選模式標本,也代表李當初確實發現了新物種,只是群模式標本中混入了長細刺葉樹象鼻蟲,這時TranesxanthorrhoeaeLea,1898的意義,將變成與長細刺葉樹象鼻蟲相異的新物種,TranesxanthorrhoeaeLea,1898就會變成新物種的有效學名,我們也不需要再另外描述命名一個新種了。

那麼作為一個專業的分類學家,我們應當選哪個方案呢?在參考李對TranesxanthorrhoeaeLea,1898的原始描述後,我們發現李在形態描述,大部分只有長細刺葉樹象鼻蟲的形態,而新物種的描述卻是寥寥數語,因此我們選擇了方案一,認為李並沒有發現新物種。

除了發現、描述未知的生物多樣性,分類學家更應回顧過去前人所做的研究,考據、檢視過往的文獻以及模式標本以檢驗物種假說,並作出合理的決策處置。

這個研究成果也再次將澳洲的象鼻蟲分類學往前推進了一步。

本論文日前已經線上刊載於《歐洲分類學期刊EuropeanJournalofTaxonomy》此文響應PanSci「自己的研究自己分享」,以增進眾人對基礎科學研究的了解。

參考資料LeaA.M.(1898)DescriptionsofnewspeciesofAustralianColeoptera.PartV.ProceedingsoftheLinneanSocietyofNewSouthWales23:521-645.Hsiao,Y.&Oberprieler,R.G.(2021).AreviewofParatranesZimmerman,1994,Xanthorrhoea-associatedweevilsoftheTranesgroup(Coleoptera,Curculionidae,Molytinae),withdescriptionofanewspecies.EuropeanJournalofTaxonomy767,117-141.https://doi.org/10.5852/ejt.2021.767.1493相關標籤:分類學分類學家昆蟲標本模式標本澳洲甲蟲研究象鼻蟲熱門標籤:大麻NASA女科學家量子力學CT值文章難易度剛好太難所有討論 0登入與大家一起討論蕭昀21篇文章・ 11位粉絲+追蹤澳洲國立大學生物學研究院和聯邦科學與工業研究組織─澳洲國立昆蟲標本館聯合培養博士生,國立臺灣大學昆蟲學系學士,中研院臺灣生命大百科(TaiEOL)編輯人員、泛科學專欄作者,曾任科博館昆蟲學組蒐藏助理。

研究興趣為鞘翅目(甲蟲)系統分類學和古昆蟲學,博士研究主題聚焦在澳洲蘇鐵授粉象鼻蟲的系統分類及演化生物學,其餘研究題目包括菊虎科(Cantharidae)、長扁朽木蟲科(Synchroidae)、擬步總科(Tenebrionoidea)等,不時發現命名新物種,研究論文發表散見於國內外學術期刊。

因為攻讀博士所以持續焦慮中。

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採訪撰文/歐宇甜、黃曉君、簡克志美術設計/林洵安、蔡宛潔神經科學與視覺我們怎麼「看到」顏色,「察覺」東西在動?大腦如何產生視覺?中央研究院「研之有物」專訪院內細胞與個體生物學研究所所長李奇鴻,他是國際知名的神經科學家,過去長期在美國國家衛生院(NationalInstitutesofHealth)做研究,2018年回到中研院貢獻自己所學。

李奇鴻的實驗室主要是以果蠅視覺系統為模型,研究神經元如何在發育過程形成複雜的突觸連結,以及神經迴路如何產生視覺來引導動物行為。

李奇鴻是國際知名的神經科學家,研究神經迴路如何產生視覺來引導動物行為。

圖/研之有物技術帶動神經科學研究神經系統如何運作?這對以前的科學家來說是黑盒子。

由於大腦發生錯誤或出問題時,會直接表現在外在行為上,早期科學家想了解人腦運作機制,只能透過腦部哪裡受傷壞掉或中風等,知道腦部的大概功能區域,但沒辦法進入細胞層次。

「在生物學的發展上,除了需要有智慧的思考,其他都要靠技術去推動。

你可能想到一個有趣的題目,但也許要30年後,才出現足夠的技術來解決問題。

」李奇鴻舉例,從光學顯微鏡、電子顯微鏡、電生理技術、分子生物學到結構生物學發展,每個都在細胞、分子、及系統層次開啟了新的世界。

隨著顯微技術與遺傳工程日益完備,果蠅成為現今熱門的腦科學研究對象。

李奇鴻指出,「果蠅的生長速度快,相較老鼠要幾個月成熟,果蠅只要兩週。

果蠅的大腦複雜程度介於人和單細胞生物中間,結構跟人高度相似,成果可應用在人身上。

」因此,近10幾年來是神經科學大起飛時代,科學家透過遺傳學方法控制果蠅的神經元活性、觀察行為,藉此了解哪些基因會影響大腦發育和運作,逐漸破解神經迴路的奧祕。

「我在選博士後研究時,想到底要做線蟲、老鼠、魚、果蠅或其他模式生物?最後才選果蠅。

回想起來,近年剛好碰到果蠅相關技術蓬勃發展,選果蠅是很正確的決定!」李奇鴻笑道。

李奇鴻引用知名神經科學家DavidMarr的三層假說(tri‐levelhypothesis),認為大腦運作有三個層次:Computationlevel(運算):神經系統在做的事,如分辨顏色、觀察東西移動、辨認物體是圓是方、是蘋果或橘子等。

Algorithmlevel(程序):神經系統的操作方式、程序怎麼做。

 Implementationlevel(實行):神經系統如何透過神經元、神經網路來達成這個程序。

李奇鴻表示,「過去多數神經科學家都在討論computation,再探究algorithm,卻沒辦法解決implementation。

現在因為具備技術,科學家終於能找出implementation,再回推上層問題,甚至發現algorithm跟原本想的不一樣。

」視網膜感知系統怎麼運算?關於神經系統的操作方式(Algorithmlevel),也有因為技術進步而解決爭議的案例。

李奇鴻舉例,以前神經科學家在研究視覺系統感受物體運動的機制,曾出現幾種理論,HR理論認為神經訊號是用乘法,另一派BL理論認為是用減法,爭議了很久。

近年科學家發現,原來視網膜感知系統的運算機制是混合的,一共三種,稱為HR-BL混合視覺運動偵測器。

過去兩派都只對了一半。

關於視網膜感知系統的運算機制,過去HR理論和BL理論都只猜對其中一種方向(打勾處)。

資料來源/CurrentBiologyHassenstein-Reichardt(HR)模型:從昆蟲行為研究而來。

當有偏好方向(從左到右)的視覺刺激出現,左邊的光感應神經元收到訊號,這個信號會被延遲(時間τ),接著右邊的光感應神經元收到訊號,兩者的訊號會同時到達下游的神經細胞(X),訊號將會相乘,生成運動訊號。

當有非偏好方向(從右到左)視覺刺激出現,兩個訊號會在不同的時間到達,不會生成運動訊號。

Barlow-Levick(BL)模型:從兔子電生理研究而來。

當有偏好方向(從左到右)的視覺刺激出現,左邊的光感應神經元收到訊號,接著右邊的光感應神經元收到訊號,但它為抑制訊號且會被延遲(時間τ),左邊的訊號會先到達下游的神經細胞,生成運動訊號。

當非偏好方向(從右到左)視覺刺激出現,左、右兩個光感應神經元的訊號會在相同時間到達,刺激訊號和抑制訊號互相抵銷,不會生成運動訊號。

持續分析果蠅大腦的神經迴路!近代電腦的所有運算都能用and、or、Xor三個邏輯閘表達,科學家想知道,大腦裡有沒有類似但更高階的神經迴路運作方式?「從感官到行為比較容易觀察和操作,目前在視覺運動方面的神經迴路運作,我們知道的最多。

」李奇鴻近年在做昆蟲視覺與行為研究,發現昆蟲在感受顏色,如綠光和紫外光時,感光細胞的處理方式是先將紫外光跟綠光的強度做比較,把兩個光的強度相減,讓原本兩個訊號變成一個訊號,所謂的「顏色拮抗」。

「這種神經迴路能解析、比較兩個顏色強度的差異性,因為大部分在視覺上最重要的正是對比。

拮抗運算模組能在一片訊號裡找出哪裡最強、其他較弱。

其他感官機制也一樣,像觸摸物品時有凸出來的部分較重要,聽覺上要找出哪個聲音特別高等,讓最重要的訊號能凸顯出來。

」李奇鴻補充道。

2021年李奇鴻的團隊首次發現果蠅視覺系統堆疊了多套拮抗運算模組,以達成顏色及空間接受域雙拮抗的效果,成果發表在《CurrentBiology》。

這樣的神經迴路可以比較相鄰的顏色,產生色彩區間對比感。

「沒這樣的功能,我們就看不出紅配綠很悲劇了!」李奇鴻笑道。

科學家們正努力鑽研果蠅大腦的神經運算迴路,希望逐步整理出基本運算模組。

或許有一天,看似複雜的大腦功能,都可能用基礎的迴路來破解!李奇鴻實驗室所發現的顏色及空間接受域雙拮抗神經迴路。

R1-R6是吸收頻率範圍較廣的光接收器(輸出刺激訊號),R7是吸收紫外光的光接收器(輸出抑制訊號),R8是吸收綠光或藍光的光接收器(輸出刺激訊號)。

從R1-R8接收光,輸出到神經細胞Dm8之後,會形成顏色拮抗效果。

此外,相鄰的Dm8之間透過特殊的氯離子通道GluClα中介,會產生側向抑制作用(Lateralinhibition),形成空間拮抗效果。

資料來源/CurrentBiology老師是怎麼走上研究大腦神經科學這條路呢?「我滿晚才走上科學研究的道路。

我對電腦有興趣、喜歡寫程式,大學上中國醫藥學院醫學系,家裡也希望我當醫生。

不過在實習時,我發現自己對治療病人沒興趣,反而對問題或疾病本身更有興趣。

跟幾個老師談過之後,我決定不當醫生,跑去清華大學讀生命科學,後來就到中研院。

」因為有醫學背景,一開始比較想做能立刻解決問題的研究,像是用蛋白質跟毒素的綜合體來治療癌症。

但後來了解,如果沒有深刻了解致病機制、沒有鑽進基礎科學研究,很難有突破。

後來去美國洛克斐勒大學攻讀博士,在洛克斐勒讀書期間,大家常互相交流,對我有很大的啟發。

那時我在鑽研結構生物學,希望了解疾病真正的生理過程,曾解開愛滋病病毒跟人體信號傳遞有關的蛋白質結構。

博士畢業前,我接觸到神經科學,感到很有興趣,就去加州大學洛杉磯分校(UCLA)讀博士後,學神經科學裡的發育學,想了解大腦在發育過程是如何用不同分子在細胞間傳遞訊息。

那時我待在很大的實驗室,老師不太管學生,要自己想辦法或跟旁邊的人學習,很多人素質都很高,學習環境很好。

之後我進入美國國家衛生院(NationalInstitutesofHealth,NIH)開始開實驗室帶自己的團隊,待了16年,算是真正進入神經科學領域,直到現在依然在做相關研究。

每個人的人生選擇,都被以前的經歷主導,如果沒有醫學背景,恐怕我不會去學結構生物學或走入大腦神經科學領域。

老師在美國的研究很順利,那是什麼契機才決定回臺灣呢?回來後是否有不適應之處呢?「我26歲出國,在美國也待26年,幾乎完全融入美國生活,實驗室運作得蠻好,連太太也是美國人。

但在美國很多年後,內心出現一個很深感覺:我在臺灣待過這麼久,臺灣是我進入科學的起點,也許該回來教教臺灣的子弟。

」剛開始有些想法,曾受邀回臺演講幾次,但沒有下決心。

後來出現一個重要轉捩點。

中研院分子生物研究所30週年慶時邀我回來演講,那時有機會跟歷任所長聊天,這些所長中許多是我過去在中研院碰過的老師。

聊了後感觸很深,發現每任所長都要面對分生所的成長或各種問題,每個所長都有獨到的見解和重要貢獻。

我看到分生所運作得很好,覺得非常感動,內心想:也許我回來能效法他們,也許對中研院細胞與個體生物學研究所的發展能有一點點實質貢獻。

雖然如果待在美國國家衛生院,我也會有這樣一個機會,但還是想帶自己的子弟,把力氣用在自家子弟身上,讓自己的國家和組織進步。

我想將在美國國家衛生院學到的經驗,像哪些組織可以運作、哪些不行,嘗試帶回臺灣。

我很清楚可能碰到的問題,像科學研究會受影響,要重新花幾年時間建立實驗室,但那次契機讓我徹底下定信心。

我曾跟廖俊智院長開玩笑,就算不給我錢,我大概也會回來。

因為真的覺得這是一個很好的機會,自己能為中研院、為臺灣做些事。

畢竟中研院也一直都像我的家!不過,畢竟過去在美國實驗室和家裡都是講英文,只有打電話給媽媽會說臺灣話,因此,2018年剛回臺灣時,國語講得不太流利,臺灣話反而比較流利。

老師覺得美國的研究環境有哪些優點?希望將什麼樣的新觀念、新風氣帶進臺灣呢?「國外最大特點是學術交流很頻繁,雖然國內也蠻頻繁,但他們交流層次更深入。

也就是說,我跟參與的老師交流之後,常能改變想法、做事方法或方向,且是正向的改變。

」國外老師受邀演講,會很積極在幾小時內一直談,在一天中完全沉浸其中,不單講出自己在做的東西,也要求聽眾給予批評或建議等,彼此有深度交流,我每次參加都覺得收穫很多並產生合作可能性。

國內我的經驗是,演講結束後比較缺乏機會跟其他老師深度溝通,領完演講費就屁股拍拍坐高鐵回來。

這可能是國內的慣有模式,我覺得需要改變。

現在所內我也要求大家,既然花錢請老師來,一定要做深度交流,請對方給予建議。

重要的不是形式或邀到諾貝爾獎得主之類,而是在演講結束後、這個人走出我的辦公室、這些人離開後,對我做的事或做事方法,是不是有什麼實質的改變?在其他科學家交談中是否能得到啟發,改變自己的思考或做實驗方式?或聽聽別人告訴你,你還有哪些沒想到的地方?分享,也是一種很重要的技術,在交流過程中,當我們可以把一件事講清楚,自己也會茅塞頓開,知道問題在哪。

現在所裡的計畫是把老師分成各種不同興趣小組,組內做交流或有跨組活動。

其餘像寫計劃、申請經費、經營實驗室或撰寫並發表文章,這些是基本技術問題。

做任何工作,一個是基本的核心技術,如果沒有「技」就無法生存;另一個是「藝」(Art),可以驅動你一直做下去。

訓練人才時,除了培養技術,還要訓練Art。

老師提到工作上需要Art,科學家的Art是指哪些部分?可以說明得更詳細嗎?「我想在科學裡面,Art有很多面向。

例如,你怎麼選擇一個問題,怎麼找切入點,如何把一個大問題拆成幾個可攻破的部分,一步步去解開,這是一種Art。

尤其在選擇問題和切入點上,要有獨特的見解或洞燭先機才能成功。

」科學家必須創造有用的知識。

什麼叫有用的知識呢?就是聽到學到後,會改變你想事情的方向或做事的方法。

很多東西都可以研究,只要科學方法夠嚴謹,都可以得到一些知識。

但到底要選擇什麼題目呢?什麼叫做有趣的問題呢?評斷這些就是科學的Art。

如果說在人類前面是一個黑暗深淵,知識像光照亮我們前面的路,科學家就像站在最前面,要知道如何踏出那一步?怎麼踏出去?這是Art。

當科學家看到一個問題、問題成形後,最重要的關鍵是如何選擇一個核心問題去解決。

就像玩拼圖時,要放下去最核心、最重要的那塊拼圖。

我回到臺灣後,覺得這裡的研究環境很好,儀器不輸人家,老師很優秀。

但可能我們多半只是關注自己的研究,沒有花時間認真去思考,最重要的一塊拼圖在哪裡?當我們有更深度的交流,才能找到最核心的那一塊,做出最重要的貢獻。

李奇鴻說,科學家必須創造有用的知識,也就是會改變做事和想事情方法的知識。

至於要選擇創造什麼知識,需要用Art來判斷。

圖/研之有物老師在國外的實驗室時是如何帶領研究團隊呢?對年輕的科學家有什麼樣的期待嗎?「在碩士、博士訓練中最重要的關鍵,是從「讀」科學變成真正「做」科學。

我們攤開一本教科書,看到裡面講這個、那個,只是讀人家的科學。

即使去念了原始文章,仍然是看著科學怎麼被別人做出來而已。

」自己真正做研究才知道,教科書上每一頁、每一句,背後都可能有數千篇文章支持,那時才知道自己很渺小,懂得謙虛,了解自己一生能做的有限。

所以,每次要跨出一小步,要想該怎麼跨最有效率、得到最大效果。

我認為,在碩士班或博士班,最重要的就是了解這種感覺。

有些學生可能覺得,反正我很渺小,世界這麼大,即使做一輩子,即使最成功的科學家,也不過是得到教科書上面的一句話而已,我怎麼做都沒關係啊。

但我們必須帶領學生了解,這個計畫不是老師叫你做才做,而是讓學生覺得這個計畫是自己的,有前進和發展的空間,就像自己的小孩,必須負責。

以前在碩、博士班,剛開始學會技術、實驗做出結果,或能像人家一樣發表文章,會很高興,但這很短暫,真正的轉捩點是我知道有什麼事,是全世界任何人都不知道的那種驕傲,才是真的能支持很久的。

我還記得在某一天做到早上五點,從實驗室走出來,知道有個東西全世界只有我知道的喜悅!當學生曾感受這種發現真實的快樂,你不用規定他早上幾點來、晚上幾點走,他自己就有動機做。

當一個人想這東西應該是怎樣,想辦法做實驗證明出來時,那真的是一種快樂。

我想,這是任何其他行業都沒辦法比較的!學生是要培養成未來的科學家、獨當一面,應該讓他自己走。

即使在你看得到的地方,也要讓他自己走出來,而且,他自己想到的,比你告訴他來的有用。

其實,我當老師最興奮時,是學生告訴我那些我不知道的事,會覺得很喜悅,學生想到我沒想到的東西,表示他們有進步,比我還厲害,這很棒!延伸閱讀Neuralmechanismofspatio-chromaticopponencyintheDrosophilaamacrineneuronsVisualMotion:CellularImplementationofaHybridMotionDetectorVision:Spaceandcolourmeetintheflyopticlobes相關標籤:大腦果蠅生物神經元神經科學科學家訊號熱門標籤:大麻NASA女科學家量子力學CT值所有討論 1登入與大家一起討論#1狐禪2022/04/11回覆按邏輯程序解決問題是科學,看出解決問題的苗頭是藝術,相信科學可以帶來問題的解答是宗教。

研之有物│中央研究院2篇文章・ 4位粉絲+追蹤研之有物,取諧音自「言之有物」,出處為《周易·家人》:「君子以言有物而行有恆」。

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