分子生物學- 維基百科,自由的百科全書
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分子生物學(英語:Molecular biology)廣義的定義是從分子的面向對生物現象的研究; ... 自從PCR技術被用於檢測特定DNA序列後,南方墨點法在實驗室中的應用大為減少。
分子生物學
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生物學的一部分生物化學
關鍵部分
生物分子
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目錄(英語:Indexofbiochemistryarticles)
概述
歷史和主題
歷史
生物化學
細胞生物學
生物資訊學
酶學
遺傳學
免疫學
分子生物學
植物化學
結構生物學
生物化學的分支
生物化學家列表(英語:Listofbiochemists)
詞彙
生物化學術語詞彙列表(英語:Glossaryofbiology)
化學術語詞彙列表(英語:Glossaryofchemistryterms)
生物化學主題閱論編
分子生物學(英語:Molecularbiology)廣義的定義是從分子的面向對生物現象的研究;狹義的定義是從基因結構和功能的分子層面研究。
這是一門從遺傳學和生物化學衍生而來的學科。
分子生物學主要致力於開發對細胞中不同系統之間相互作用的研究技術,包括DNA,RNA,蛋白質和蛋白質生物合成之間的關係以及了解它們之間是如何被調控的。
目次
1與其他「分子尺度」生物科學的關系
2分子生物學的技術
2.1克隆表達
2.2多聚酶鏈式反應
2.3凝膠電泳
2.4高分子墨點法和探測
2.4.1南方墨點法
2.4.2北方墨點法
2.4.3西方墨點法
2.5微陣列技術
2.6過去的技術
3歷史
4知名的分子生物學家
5參見
6參考文獻
7延伸閱讀
8外部連結
與其他「分子尺度」生物科學的關系[編輯]
分子生物學的研究者們不僅應用分子生物學特有的技術(參見本條目中「技術」一節),而且越來越多地從遺傳學、生物化學和生物物理學的技術和思路中獲得啟迪,綜合利用。
因此,這些學科間越來越多地相互融合,不再有明確的分界線。
「生物化學」主要研究化學物質在生物體關鍵的生命進程中的作用。
生物化學很大程度上專注於生物分子的角色,功能,和結構。
生物過程背後的化學性質研究和生物活性分子的合成是生物化學的例子。
參見:生物化學
「遺傳學」主要研究生物體間遺傳差異的影響。
這些影響常常可以通過研究正常遺傳組分(如基因)的缺失來推斷,如研究缺少了一個或多個正常功能性遺傳組分的突變體與正常表現型(又稱為「野生型」)之間的關係。
遺傳相互作用(如異位顯性)經常會使像基因剔除這類研究的結果難以解釋。
參見:遺傳學
「分子生物學」則主要研究遺傳物質的複製、轉錄和轉譯進程中的分子基礎。
分子生物學的中心法則認為「DNA轉錄mRNA,mRNA轉譯蛋白質,蛋白質反過來協助前兩項流程,並協助DNA自我複製」;隨著研究的深入,發現RNA也可以反轉錄成DNA。
主條目:分子生物學的中心法則
在分子生物學中大量工作是定量的,而且最近的許多研究工作是在結合生物資訊學和計算生物學的基礎之上完成的。
從本世紀(二十一世紀)開始,研究基因結構和功能的分子遺傳學已經成為發展最快的領域之一。
越來越多的學科已經將目光集中到分子水平的研究中,一方面直接研究相關分子間相互作用,如細胞生物學和發育生物學;另一方面利用分子生物學技術來研究並推測群體和物種的歷史貢獻(非直接,遺傳水平),如進化生物學領域中的群體遺傳學和系統發生學。
此外,生物物理學除了研究大尺度器官構造之外,一直都有從頭研究生物分子的傳統。
分子生物學的技術[編輯]
DNA的結構
從1950年代晚期和1960年代早期開始,分子生物學家已經開始學習鑑定、提純和處理細胞和生物體的分子組分。
這些組分包括:DNA,遺傳資訊的攜帶者;RNA,作為DNA的「近親」,既可以是DNA的臨時「工作拷貝」,又可以發揮結構分子和酶功能,同時還是蛋白質轉譯的結構和功能元件;蛋白質,細胞中的主要的結構分子和酶分子。
克隆表現[編輯]
轉導(Transduction)
分子生物學中最基本的技術是蛋白質的表現和純化。
首先是編碼目的蛋白的DNA序列被克隆(用PCR技術和限制性內切酶)到作為表現載體的質體中。
隨後構建好的質體被引入到宿主細胞。
編碼序列在質體上的特殊的啟動子元件的驅動下,被宿主細胞的表現系統所表現。
質體上通常還帶有抗生素抗性標籤以便於質體篩選。
[1]
質體可以被插入到細菌或動物細胞。
外源DNA被引入細菌被稱為轉化(transformation),可以通過電穿孔法、微注射法、正吸收和融合來實現;外源DNA被引入真核細胞,如動物細胞,被稱為轉染(transfection),轉染技術包括磷酸鈣法、脂質體法和一些有專利權的商用轉染試劑。
DNA也可以以病毒或病原菌為載體被帶入宿主細胞;應用這種病毒或病菌的轉染技術於細胞時,用術語來說就是「對細胞進行轉導(transduce)」。
多聚酶連鎖反應[編輯]
主條目:聚合酶連鎖反應
多聚酶連鎖反應(PCR)是一項用於體外複製DNA的極為通用的技術。
簡而言之,PCR技術可以使單鏈DNA被複製數百萬次,也允許用事先確定好的方式對被複製的DNA序列進行改動。
例如,PCR技術可以用於引入限制性酶切位點,或者對特定的DNA鹼基進行突變(改變)。
PCR技術還可以用於從cDNA文庫獲得特定的DNA片段,或者從另一個角度,用於判斷一個cDNA文庫中是否含有特定的DNA片段。
凝膠電泳[編輯]
主條目:凝膠電泳
凝膠電泳是分子生物學最主要的一項技術。
其基本原理是:DNA、RNA和蛋白質可以用電場來進行分離。
在瓊脂糖凝膠電泳中,DNA和RNA可以被瓊脂糖凝膠按其分子大小進行分離。
同樣,蛋白質可以被SDS-聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)按分子量大小分離;此外,蛋白質還可以由於所帶電荷的不同被等電聚焦電泳分離。
高分子墨點法和探測[編輯]
南方墨點法[編輯]
主條目:南方墨點法
此方法的命名源自其發明者生物學家EdwinSouthern。
南方墨點法是探測一個DNA樣品中含有特定DNA序列的方法。
首先,DNA樣品為凝膠電泳所分離;然後,分離的樣品通過毛細現象被轉移到一張膜上,這一過程被稱為「墨點」(blotting)。
帶有樣品的膜就可以用與目標序列互補的標記的DNA標記探針來探測。
最初的操作手冊大都採用放射性標記,但現在非放射性標記已開始被採用。
自從PCR技術被用於檢測特定DNA序列後,南方墨點法在實驗室中的應用大為減少。
但此方法依然有著其他一些應用,如用於測量基因轉移鼠的基因轉移拷貝數,以及用於構建基因剔除的胚胎幹細胞系。
北方墨點法[編輯]
主條目:北方墨點法
北方墨點法示意圖
北方墨點法被用於研究特定類別的RNA分子的表現模式(豐度和大小)。
與南方墨點法相似,RNA樣品為凝膠電泳按大小分離;然後轉移到膜上,並用與目標序列互補的標記的探針來探測。
實驗結果可以根據所用探針的不同以多種方式來觀察,但大多數都顯示的是樣品中被探測的RNA條帶的相對位置,也就是分子大小;而條帶的強度則與樣品中目標RNA的含量相關。
這一方法可以測量目標RNA在不同樣品中的情況,因此已經被普遍用於研究特定基因在生物體中表現的時刻和表現量,也是這類研究中最基本的手段。
西方墨點法[編輯]
主條目:西方墨點法
大多數蛋白的抗體可以通過將少量的蛋白注入動物(如鼠、兔、羊)以獲得對應注入蛋白的抗體(多株抗體)或進一步通過細胞培養獲得抗體(單株抗體)。
這些抗體就可為許多分析和製備技術所使用。
在西方墨點法中,蛋白質首先根據分子大小用SDS-PAGE分離。
然後將膠中的蛋白質轉移到膜(如PDVF膜、尼龍膜或其他可用的膜)上。
然後將膜用含有抗體的溶液浸泡,由於抗體可以特異性地結合到目標蛋白上,因此就可以探測膜中的目標蛋白。
同樣觀察結果的方法有很多,包括顯色產物、化學發光(chemiluminescence)或放射自顯影。
一些與西方墨點法相似的方法可以用於直接對細胞和組織中的特定蛋白質進行染色,然而這些被稱為「免疫染色」的方法更多的是應用於細胞生物學而非分子生物學。
此外,還有並不常用的「東方墨點法」(對雙向電泳後蛋白質分子的墨點分析)、「西南方墨點法」(研究蛋白質和DNA相互作用)和「遠端西方墨點法」(FarWesternblotting,研究蛋白質-蛋白質相互作用)。
值得一提的是除了南方墨點法的命名是來自於發明者的姓名,其他墨點法的命名則都是源於發明者的幽默:因為南方(Southern)既是墨點法的發明者EdwinSouthern的姓,同時其英文含義為「南方」;於是隨後發明不同墨點法的研究者們紛紛將這些方法以方位命名,如Northern(「北方」),Western(「西方」)印等等。
[2]
微陣列技術[編輯]
主條目:DNA微陣列
基因表現(遺傳密碼)
DNA陣列是附著於固體支持物的斑點的集合,例如顯微鏡載玻片,其中每個斑點包含一個或多個單鏈DNA寡核苷酸片段。
陣列使得在一個載玻片上能夠放下大量的非常小的(100微米直徑)的斑點。
每個斑點具有一個DNA片段分子互補的單個DNA序列(類似於南方墨點法)。
該技術的變化允許生物在發育的特定階段的基因表現是合格的(表現譜)。
在該技術中,組織中的RNA被分離並轉化為標記的互補去氧核醣核酸(cDNA)。
然後將該cDNA與陣列上的片段雜交,並且可以進行雜交的可視化。
由於可以用完全相同的片段位置製備多個陣列,因此它們特別可用於比較兩種不同組織(例如健康和癌性組織)的基因表現。
此外,人們可以測量什麼基因被表現和如何表現隨時間或與其他因素的變化而變化。
例如,常見的麵包酵母釀酒酵母含有約7000個基因;使用微陣列,可以定量測量每種基因如何被表現,以及該表現如何變化,例如該表現如何隨著溫度的變化而變化。
有許多不同的方法來製造微陣列;最常見的是矽晶片,具有~100微米直徑的斑點的顯微鏡載片,定製陣列和在多孔膜(宏陣列)上具有較大斑點的陣列。
給定陣列上可以有從100個斑點到超過10,000個斑點。
微陣列也可以用除了DNA以外的分子來製作。
如抗體微陣列可被用於檢測血液樣品中含有哪些蛋白質或細菌的存在。
過去的技術[編輯]
SDS-聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)
隨著新技術和新方法的不斷出現,舊的技術很快就被拋棄。
一個很典型的例子就是DNA分子大小的測量:在(瓊脂糖/聚丙烯醯胺)凝膠電泳出現之前,DNA分子大小是用蔗糖梯度沉降法來測量的,這一方法費時費力而且花費昂貴;而在梯度沉降法出現之前,黏度法被使用。
儘管已經不再為人們所關注,但了解這些過時的技術可能會對解決一些特別的問題有幫助。
歷史[編輯]
主條目:分子生物學史
在1930年代,由於許多生物化學家發現細胞內的許多分子參與了各種複雜的化學反應,分子生物學由此逐步建立。
但直到1938年「分子生物學」一詞才由瓦倫·韋弗(WarrenWeaver)提出(也有人認為「分子生物學」一詞最早於1945年威廉·阿斯特伯里(WilliamAstbury)首先在HarveyLecture上應用的[3])。
瓦倫是當時洛克斐勒基金會自然科學方面的主持人,他相信由於在X射線晶體學等方面的發展,生物學正在進入一個大的轉變期,他也因此將基金會的資金用於資助生物領域的研究。
知名的分子生物學家[編輯]
佛朗西斯·克里克
詹姆斯·沃森
埃爾文·查加夫
羅莎琳·富蘭克林
法蘭索瓦‧雅各
馬修·梅瑟生
克里斯汀·紐斯林-沃爾哈德
萊納斯·鮑林
馬克斯·佩魯茨
弗雷德里克·桑格(FrederickSanger)
富蘭克林·史達
利根川進
莫里斯·威爾金斯
亞歷山大·里奇
參見[編輯]
分子與細胞生物學主題
生物學主題
遺傳學主題
分子生物學中心法則
分子建模
細胞生物學(細胞的結構和組成)
DNA和染色體結構
蛋白質生物合成(從DNA轉錄為RNA,再從RNA轉譯成蛋白質)
蛋白質結構
基因組
蛋白質組
蛋白質結構預測
生物資訊學
參考文獻[編輯]
^Cohen,S.N.,Chang,A.C.Y.,Boyer,H.&Heling,R.B.Constructionofbiologicallyfunctionalbacterialplasmidsinvitro.Proc.Natl.Acad.Sci.USA70,3240–3244(1973).
^PatriciaS.Thomas,
HybridizationofDenaturedRNAandSmallDNAFragmentsTransferredtoNitrocellulose
PNAS1980;77:5201-5205PNAS(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
^龍華,「分子生物學的發展」,《生物學通報》,40:58-60,2005
延伸閱讀[編輯]
(英文)KeithRoberts,MartinRaff,BruceAlberts,PeterWalter,JulianLewisandAlexanderJohnson,MolecularBiologyoftheCell
4thEdition,Routledge,March,2002,hardcover,1616pages,7.6pounds,ISBN0-8153-3218-1
3rdEdition,Garland,1994,ISBN0-8153-1620-8
2ndEdition,Garland,1989,ISBN0-8240-3695-6
(英文)Rodgers,M.ThePandora'sboxcongress.RollingStone189,37–77(1975).
外部連結[編輯]
(英文)FrederickSanger(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)FreeviewVideoInterview/DocumentarybytheVegaScienceTrust.
(英文)MaxPerutz(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)FreeviewVideointerviewwithMaxPerutzbytheVegaScienceTrust.
(英文)ChristianeNüsslein-Volhard(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)FreeviewinterviewbytheVegaScienceTrust.
(英文)TheCollectionofBiostatisticsResearchArchive
(英文)StatisticalApplicationsinGeneticsandMolecularBiology
(英文)TheInternationalJournalofBiostatistics
(英文)TheInternationalJournalofBiologicalSciences(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)InstituteofMolecularandCellBiology
(英文)NatureReviewsMolecularCellBiology(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)StanfordEncyclopediaofPhilosophyentry(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)TheVirtualLibraryofBiochemistryandCellBiology(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)Abriefhistoryofmolecularbiology(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)AMonk'sFlourishingGarden:theBasicsofMolecularBiologyExplained(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)-areviewfromtheScienceCreativeQuarterly
(英文)TheMolecularBiologyGateway(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
(英文)ScientificAmericanMagazine(April2004Issue)EvolutionEncoded
(英文)NationalCenterforBiotechnologyInformation(頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
閱論編分子生物學
歷史
術語表(英語:Glossaryofgeneexpressionterms)
概觀中心法則
DNA複製(去氧核糖核酸)
轉錄(核糖核酸)
轉译(蛋白質)
要素
啟動子
普里布諾盒
TATA盒
操縱子
半乳糖操縱子(英語:galoperon)
乳糖操縱子
色胺酸操縱子
內含子
外顯子
終止子
強化子
阻遏物(英語:Repressor)
乳糖阻遏物(英語:Lacrepressor)
色胺酸阻遏物(英語:Tryptophanrepressor)
沉默子
表觀遺傳學(組織蛋白修飾:組織蛋白甲基化(英語:Histonemethylation)、組織蛋白乙醯化(英語:Histoneacetyltransferase)、組織蛋白磷酸化等;DNA甲基化;RNA干擾)
相關科目
細胞生物學
生物化學
計算生物學
功能生物學/醫學
遺傳學
工程概念
有絲分裂
細胞信號傳送
轉錄後修飾
轉譯後修飾
干實驗室/濕實驗室(英語:Wetlab)
技術
細胞培養
模式生物
方法
核酸
蛋白質
螢光(英語:Fluorescenceinthelifesciences)、色素與放射性(英語:Radioactivityinthelifesciences)
高通量技術(-組學)
DNA微陣列
質譜法
實驗室晶片
基因表現調控(英語:Regulationofgeneexpression)
表觀遺傳學
基因表現調控(英語:Regulationofgeneexpression)
轉錄後調控(英語:Post-transcriptionalregulation)
轉譯後調控(英語:Post-translationalregulation)
分類
分子與細胞生物學主題
共享資源
分子與細胞生物學專題
閱論編基因表現遺傳學入門
遺傳密碼
經典中心法則:
DNA→RNA→蛋白質
擴充中心法則
RNA→RNA
RNA→DNA
蛋白質→蛋白質
轉錄類型
細菌轉錄(英語:Bacterialtranscription)
古菌轉錄
真核轉錄
關鍵元素
轉錄因子
RNA聚合酶
啟動子
轉錄後修飾
hnRNA
5'端加帽
RNA剪接
多腺苷酸化
Histoneacetylationanddeacetylation
轉譯類型
原核轉譯
古菌轉譯
真核轉譯
關鍵元素
核糖體
tRNA
轉譯後修飾
基因表現調控(英語:Regulationofgeneexpression)
表觀遺傳學調節
基因組銘印等
轉錄調控
基因調控網絡(英語:Generegulatorynetwork)
順式作用元件
乳糖操縱子
轉錄後調控(英語:Post-transcriptionalregulation)
P體
可變剪接
miRNA等
轉譯調控(英語:Translationalregulation)
轉譯後調控(英語:Post-translationalregulation)
可逆的
不可逆的
該領域名人
方斯華·賈克柏
賈克·莫諾
閱論編遺傳學索引描述
生化
基因表現
DNA
複製
週期蛋白
基因重組
修復
轉錄
轉錄因子與細胞內受體
輔調節因子
RNA
重複序列
轉錄後修飾
轉譯
核糖體亞基
轉譯後修飾
分揀蛋白(英語:Template:Sortingnexin)
DNA/RNA結合蛋白
核糖核蛋白)
蛋白質
結構域
結構
1°
2°
2+°
3°
4°
疾病
Replicationandrepair(英語:Template:DNAreplicationandrepair-deficiencydisorder)
Transcriptionfactor(英語:Template:Transcriptionfactorandcoregulatordeficiencies)
轉錄相關疾病(英語:Template:Disordersoftranscriptionandposttranscriptionalmodification)
轉譯相關疾病
閱論編生命科學和生物學的主要子域
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參閱
生物學史
諾貝爾生理學或醫學獎
生物學和有機化學的時間軸(英語:Timelineofbiologyandorganicchemistry)
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